江西武宁农村商业银行股份有限公司内设办公室、人力资源部、计划信贷部、财务部、风险运管部、审计中心、安全保卫部、信息科技部、综合业务部、总行营业部等10个职能部门；共有一级支行27个，并成立了“四大中心”，即：大客户中心、小微贷款中心、三农贷款中心和特色贷款中心。